「你應該聽說過『究極機械人』計劃吧……英雄先生。」年青男子

「……」

「歡迎光臨，這是傳說和現實的交錯點…」年青男人

「……Zero……」巨大光球

「啊……啊……。」

X-3
精靈戰爭

「好了。今天的課堂到此為止。」艾克斯
女學生都向艾克斯揮手，有幾個學生就在問他課題的事情。雖然有點混亂，但艾克斯也不慌不忙地遂一解答。其他走過的教授也笑了一笑。

「究竟有沒有師生戀？」男教授
在教職員室中卻說這種話，這也不禁令艾克斯很吃驚。
「咳咳咳！」艾克斯「別耍了，自己也是教授…」
「不是啦，你班中的女學生也很可愛。」女教授
「很浪費。」男教授
「……」艾克斯

艾克斯的形象給人太好，所以也不時給人說一些是非。只不過他也不會介意這些小事情。和其他教授談話一會後，他就回到自己的研究所。

在晚上的時候，他總是會播放著已故歌姬的唱盤，懷念著她還在世的日子。她的歌聲總是令人感到很祥和。

這些年來，戰爭令他失去太多，每次聽著這歌聲，摸著Z saber的劍柄，感覺就十分深刻。
而最近每一個晚上艾克斯都和一位自稱是Zero的女子聊天。總是她打破了艾克斯的憂愁。聽起來她是一個很活潑的女孩子。……

．

．

．

半年後…

電子精靈的技術日漸進步，已經幾乎成了人們的必需品。整個城市都充滿著電子精靈…

這種看起來是先進的技術，艾克斯卻感到背後的不安…

「Omega…我的最高杰作！Omega！以破壞神的名義帶給這個世界的終末吧！」年青男人
「嗚…嗚嗚嗚嗚嗚！！」Omega
巨大機械人從地中破殼而出，一時間惹了不少的恐慌。

Omega是一架身高約15米高左右，身體主要顏色是金色和黑色，擁有一柄有其身高1.5倍的大劍。其一擊的力量已經可以把數座大廈倒塌。

所有傳媒也立即報導這個緊急事態。政府軍立即出動了數百部新型試作機械人RXM-32。

RXM-32全名是Rockman X量產32型，簡稱XM。全身藍色，頭盔和X一樣，面部則是一幅鏡面，內有2個鏡頭來分辨立體感，而手部就是一支強力的光束砲，單純威力數字比X實戰時的數值更加大。XM不屬於思考型機械人，他們只有作戰的思考方針，其實的都要受長官指揮。

但是Omega比預期厲害太多，XM再多也是無功而回。

而在午飯時間的艾克斯也十分驚訝，Omega的力量實在太驚人，但是這些年來竟然沒有人發覺有如此厲害、如此龐大的機械人的痕跡。

「X，聽到了嗎？」
忽然艾克斯收到一個神秘的通訊。
「什麼？」艾克斯
「請你把所有通訊都切斷。」
艾克斯走到一旁再和這個男人談話
「你是什麼人？」艾克斯
「我是誰也不要緊，我只是告訴你，你現時是沒有能力打倒Omega。」
「……」艾克斯
「人造電子精靈，你已經注意到了吧？」
「在地上的精靈無形地傳送能源給Omega…」艾克斯
「沒錯。」「但是……你聽著，Omega擁有的是世界上最初和最強大的電子精靈。」
「『究極機械人』計劃？」艾克斯
「 對，打從那時候電子精靈已經被人發現，但是他們很愚蠢地將馬薩精靈分成2個…」
「Colonel和Iris。」艾克斯
「正確。而現在馬薩精靈已經被人修好和安置在世界上接近最強的機械人上。」
「最強的機械人上？」艾克斯
「單純力量上Omega是世界上最強，但是只有你可以打倒它。」

「我知道怎麼可以阻止……但是……這樣的方法真的可以嗎……」艾克斯

只不過時間一分一秒過去，Omega一座又一座地把大廈拆去。他已經到達首都Arcadia。

忽然間學院內的電腦都同一時間被操縱著，看來是計算著一種非常複雜的數據。這個情況遂漸被漫長，由學院伸展至一個村，再由村伸展至區域，城市甚至全世界。

回看學院的時，教授們才發現艾克斯不見了。……

當艾克斯正想和Omega對戰時，從中被人阻止了。那個人艾克斯也很熟悉…「「呃…Vava…！別阻礙著！」艾克斯
「呵，X！我終於等到今日了…X！來吧！」Vava
Vava一拳打過去，艾克斯連手槍的轉換也未準備好已經吃了一拳。正當Vava想乘勝追擊，艾克斯一踢把Vava踢走。

「對啊！就讓我們來個堂堂正正的決鬥吧！」Vava
「嘖！我沒有時間和你玩！」艾克斯立即轉換手槍並發出電磁槍。

只是Vava已經衝往至艾克斯的背後再來一個背投。Vava的手腕也變成手槍，向艾克斯的旁邊發射，艾克斯都未來得及反映已經被埋下於石塊之中。

Vava傳送離開了。他回到大本營向上師報告。

「Boss，我已經收拾了X。」Vava
「很精彩！」年青男人「那就沒有人再能夠停止Omega。」
「是的。相信上頭也會很欣賞你的表現。」少女
「哈哈哈…到時人類的時代會再世臨了！」年青男人
「是的，這是100年來期待的一天。」少女

回看艾克斯。由Vava引開了各人的注意，使他能夠輕鬆地潛入Omega體內。

艾克斯在中央看到的是既黑暗又光亮的球體，那不是一般形容詞能形容，既冰冷，但又有種母親般溫柔……

「果然是你……我的好友。」艾克斯
「喔……」Zero「看到了嗎…Iris…Iris她復活了。」
艾克斯呆呆看了Zero和Iris幾眼，看起來他們好像好恩愛似的
「請你停止好嗎？」艾克斯
「停止？說什麼傻話。」Zero
「現在所有人都因為你一人而受著痛苦！」艾克斯
「這與我有什麼關係？」Zero
「我只要和Iris一起幸福地生活好了。」Zero
「……」艾克斯
「讓我們來創造只有機械人的國度吧！」Zero
「……真是弱小。」艾克斯
「什麼。」Zero
「真正的Zero就是這麼弱小的嗎！」艾克斯
「該死的傢伙…我給你面子就放肆起來。」Zero
「你自己殺死Iris就把責任卸給其他人，你就是這麼濺小！」艾克斯
「不愉快！」Zero
「滾開！我現在要把『Iris』破壞！」艾克斯
「為了我們美好世界…」Iris
「除排阻礙我們的人！」Zero
「像你這麼弱小的人是阻礙不了我！」艾克斯

接著全世界的能量水晶都起了共鳴，發出的所有光芒就像精靈般飛往Arcadia，飛往Omega中。全世界都停電了，緊餘的電力都給了電腦運算。

Omega吼叫著，它的身體漸漸被分解化小光點，化為電子精靈。

「Zero…Zero……好痛苦……Zero！」Iris
「X！夠了！」Zero
「Zero啊！你清醒一點吧！」艾克斯

政府軍的XM隊也「趁火打劫」，徹退中止立即回頭，並不斷向Omega射擊。

而回看Vava，他殺光了八位跟隨那年青男人的人。
「不好意思…我只會效忠我自己。」Vava
「你……你這叛徒！」年青男人
「另外我好感謝你讓我復活。」Vava
Vava一手抓破那男人的脖子。Vava殺了那男人後就立即趕去Omega的地方。

「真是遺憾呢……Vava。」年青男人的聲音

Omega的吼叫十分恐怖，Zero沒法接近X身旁，X被一重電子護罩包裹著。只不過沒想到Zero要Omega打進自己的胸膛中，X被Omega的巨爪抓緊。

「很遺憾啊！X……哈哈哈哈！」Zero
「…是嗎？」艾克斯
「啊……啊！！！殺死他……殺死他！Zero！」Iris
Omega把X擲在地上，正想一腳踏死他的時候。Vava迅速都抱走了X。

「你果然是蠢材。」Vava
「……」艾克斯
「第一次見你的時候已經是這樣。」Vava
Vava把X放下來再說
「我會引開Omega，你要解決馬薩精靈！」Vava
「Vava！」艾克斯

Vava很快就衝了出去作出無謂的反抗。雖然Omega已經傷痕累累，但是它依然是世上無人能及的最強兵器。而X偷偷走到一座大廈頂層，再次喚起電子精靈召喚所有力量。要化分解Omega，必備要有巨大的能量才可能。世界再次因為沒有電源而陷入黑暗之中。

這數年來X熟識電子的知識，更熟讀電子精靈。他也知道Omega以他的力量是不可能擊破，但是也只有他熟知電子精靈，知道如何將物體分解。

Vava也被Omega抓住，可是他依然沒有放棄，用餘下的時間不斷向Omega的胸膛射擊。
「濺小的傢伙！去死吧！」Zero
「X…我們機械人不是任何人的棋子…你要相信自己！你是世界唯一的正義啊！」Vava
「死吧！」Zero
Omega的手拳發出的光束砲把Vava打得煙消雲散，就連頭盔的碎片也沒有剩下來。X沒有停下來，面上掛上一絲絲的淚水，可是他依然持續這個「電子分解」的狀態。

我原本不想這樣……

這樣子的勝利……有什麼意思啊。

但是除了這樣還有什麼可能性嗎？

我……很悲痛

X的一陣強光照耀下一切都分解成電子精靈。Omega連同著Arcadia正在消逝，化為一點點光點飛向四方。而馬薩精靈正離開Omega的身體中。她身體的黑色漸漸退下來了。

X追向馬薩精靈處。

「X……對不起…我…」馬薩精靈
「……」艾克斯
「我做了一件無法彌補的事情……」馬薩精靈
「是的……」艾克斯

艾克斯拜託了馬薩精靈修好殘破不堪的Zero，但是捐壞太嚴重，裝甲都不能修了，連面容也有點不同。

艾克斯告訴她只要修到他能維持生命就行了。

之後艾克斯接納了馬薩精靈，利用她的力量把Arcacia帶來新生命，成了一個真實的自然環境…

之後他找了一個地方…就這樣長眠下去了。

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「Alex，喂…喂！」Zero
「我呀…當上了第17分隊副隊長了！」Zero
「你最近怎樣？……

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後人稱這戰鬥為「精靈戰爭」，

他們以為是馬薩精靈把Arcadia吞噬，

並稱呼她為「闍精靈」，

沒有人會想到是X吞噬了Arcacia，

更沒有人想到日後社會能源短缺的問題是由X分解Omega而引起。……