最初企劃中Elpis並沒有打算作大長篇，起初是沒有分章節的，十分的混亂。在回顧後大致上可以分為以下分類，也希望分章節後使整個故事沒有那麼混亂。

章節的名稱只是暫名，在整個故事完成以後也許會改一個更為漂亮的名字。


X前傳
以X和複製X為主角的原創故事，說明Rockman Zero之前的世界觀，與及文獻和現實的出入。


Z前傳
以Zero為主角的故事。Rockman Zero 1-2 的故事改篇，說明Zero和雪兒相遇，Neo Arcadia的暴政世界以及傳說中的闇精靈醒覺等。


序章 (F篇) [1 -6]
故事回到厄爾畢斯正侵攻Neo Arcadia的時間。以Alex，局外人的角度描寫整件事情的經過。

這行動名為「F」


第一章 (Omega篇) [7 -21]
Rockman Zero 3的故事改篇，拜魯利用Omega向世界進行的報復。

人們對自身的無知，自身的慾望而帶來這世界的不穩定
能夠化解這種怨念的就是古時被稱為最強精靈--馬薩的能力

只要每個人也知道的職責
自己的能力和抱負

這樣子的世界誰都能夠幸福生活的世界
就再也不會發生戰爭了吧

這就是Omega X提倡的希望計劃。

「Reploid的生產工場……大家…也是在這裡出生……」
「還有……所謂的人類伊甸園就是這裡。」


第二章 (扭曲篇) [22-31]
Rockman Zero 4的故事改篇，拜魯的Omega被擊後，世界變得更不可理解。戰爭火種再一次被燃起。Zero相信雪兒是正確，要世界恢復和平，他繼續得和人們對抗。

世界雖然在雪兒的統治下得到非常短暫的和平，然而邪惡並不會因此而滅亡。

另一方面零的秘密組織亦開始分頭行動，Johan混入在拜魯的小隊之中。他們並不信任雪兒，兩個對立的勢力被一個名為Sin的男人煽起。

得到全新力量的Infinit Zero為了世界的正義和捍衛和平的Maverick Hunter對戰起來。



第三章 (夢魘篇) [32-54]
和Isabella爭鬥後的Zero，發現一切都是夢境而已，當他醒過來後他明白要做什麼，什麼才是正義。然而一切也太遲，被拜魯統治了的Neo Arcadia。人們痛不欲生地過度著不是人所居住的世界。

為了正義，傳說的英雄們集結在Resistance之中，為了正義，使X的使者一起投靠雪兒，為了正義，即使不同空間的Vent和Aile也同心合力一起對抗Neo Arcadia

然而一次比一次變得更強的Neo Arcadia戰士Johan，漸漸能夠傳說的英雄Zero打成平手。可是正義不容許敗北，為了貫徹真正的正義！在絕境的關鍵時刻，心中的力量再一次醒悟，救世主一樣的Saviour Zero再一次向Johan對決。

「就算是如此！就算是如此！」
「我還是想保護這個世界！」

Alex等人們亦開始和希雅兒等人正面對決。

然而…這一切也只不過是……



「你……就是世上唯一的Super Reploid！」

但是我……但是我……
但是我根本救助不了誰！

「是你的話一定可以，真正重要的東西是什麼！你一定知道！」

就算Rockman如何地努力，這個世界依然不變…不……打從Rockman開始，這就是腐敗的開始。

必須要由誰來做的，改變這個世界！

然後我就會成為



新世界的神



「還有一件事我必須要說……我其實就是……」


第四章 (命運篇) [55-]
走往盡頭的世界，Elpis再一次把世界重整，然而各個人物都送至不一樣的世界之上

非常接近，極為相似
然而卻永不抵觸的世界

儘管你如何努力也好，做過什麼事情企圖改變也好
到最終卻什麼也沒有改變

所有的東西都似是要走進死胡洞